Instalasi Gawat Darurat menangani kasus kegawatdaruratan pasien. Pelayanan IGD buka 7 X 24 jam. Sebagian besar penyakit yang ditangani adalah kegawatdaruratan paru dan pernafasan, tapi tidak menutup kemungkinan juga ada kasus lain yang dilayanai selain keadaan kegawatdaruratan. Apabila diperlukan penanganan lebih lanjut, pasien akan dirujuk ke RS lain dengan menggunakan aplikasi SISRUTE (Sistem Informasi Rujukan Terpadu) yang telah disediakan oleh Kementerian Kesehatan RI.

IGD BBKPM berusaha menyediakan layanan kegawatdaruratan sebaik mungkin dengan menerapkan azas cepat dan tepat. IGD BBKPM didukung sarana dan prasarana kegawatdaruratan yang sesuai dengan kompetensi Balai termasuk alat-alat kesehatan dan pemeriksaan penunjang serta pengobatan yang dibutuhkan.